С мая 1934 года при создании войск военного времени была введена региональная система, частично основанная на шюцкорах. На ключевые посты были назначены кадровые офицеры и члены шюцкоров.
Шюцкоры осуществили мобилизацию под руководством военных округов. Шюцкоры несли ответственность за доставку приказов о мобилизации военнообязанным, вызов вспомогательных подразделений и охрану объектов. Приграничные шюцкоры имели и боевые задачи. Региональная система более тесно связала шюцкоры с военным ведомством.
Региональная система поставила более четкие цели для подготовки шюцкоров. Обучение было изменено, чтобы удовлетворить потребности войск в военное время. В дополнение к существовавшей системе обучения, в основном для пехоты, требовалось обучение для артиллерии, сапёров, войск связи, противовоздушной обороны, кавалерии, береговой обороны, гранатомётных и велосипедных войск. Необходимое оборудование вручило минобороны.
Обязанности шюцкоров во время войны были подтверждены в сентябре 1939 года. В задачи шюцкоров входило поддержание порядка и безопасности, отражение высадки десанта, контроль за воздушным пространством, противовоздушная оборона, контроль и охрана объектов, участие в организации транспорта, выполнение эвакуации, охрана военнопленных и ремонт транспортных сооружений.
В начале дополнительных учений в октябре 1939 года штаб шюцкоров начал на практике выполнять функции штаба войск тыла, хотя это название не было официально введено до объявления состояния войны в декабре. Добровольная организация стала органом власти с боевыми задачами.
Учения и Зимняя война показали, что шюцкоры смогли выполнить задачи, поставленные перед ними в мобилизации, и взять на себя задачи региональной организации военных округов, а также роль войск тыла.
Во время перемирия шюцкоры были сохранены в составе оборонительных сил. Ввиду потребности мобилизации страна была разделена на 16 военных округов и 34 шюцкоров (карта).
Во время перемирия основное внимание шюцкоров уделялось задачам мобилизации, а основным направлением в обучении была организация и проведение учебных сборов.
Шюцкоры эффективно справились с выполнением задач мобилизации в июне 1941 года. После этого шюцкоры продолжали выполнять свои боевые задачи, в том числе помощь другим органам власти, пополнение личного состава, обучение и обслуживание, а также поддержание духа и организация похорон павших.